【三藩之乱平定，台湾郑氏政权的内乱，给了玄烨收复宝岛的契机。康熙二十二年，正月，郑经病逝，长子郑克臧被权臣冯锡范杀害，十二岁的郑克塽继位，大权落入冯锡范、刘国轩手中。
朝堂之上，争论再起。反对者称台湾孤悬海外，收复后需耗费巨资驻守，得不偿失；支持者则认为台湾是东南门户，不收复则沿海永无宁日。玄烨目光坚定：“台湾乃江浙闽粤之门户，朕意已决，收复！”
他力排众议，任命施琅为福建水师提督，全权征台。施琅早年追随郑成功，后因反目降清，熟悉台海水文与水师作战，是征台的最佳人选，却也因“叛郑”身份，遭满朝大臣非议。
施琅到任后，整顿水师，建造战船，日夜操练，又派人潜入台湾收集情报。同年六月十四日，他率领二万水师、三百战船，从铜山出发，跨海东征，顺利抵达澎湖列岛——台湾的门户。
六月十六日，澎湖海战爆发。清晨雾气弥漫，施琅将水师分为三路，亲自率领中路猛攻刘国轩主力。炮火轰鸣，海水被鲜血染红，战船残骸漂浮海面。施琅右眼被流弹擦伤，鲜血模糊视线，仍站在船头指挥。七个时辰的激战，郑氏水师惨败，刘国轩率残部逃回台湾。
澎湖失守，台湾朝野震动。冯锡范、刘国轩自知大势已去，带着郑克塽递交降表。八月十三日，施琅率军进入台湾府城，郑克塽率宗族百官投降，台湾时隔二十二年，重新纳入中华版图。
捷报传至紫禁城，玄烨龙颜大悦，下旨设台湾府，隶属福建省，派军驻守。他站在地图前，喃喃道：“海疆永固矣。”
可这份功业，背后藏着难言的缺憾。施琅收复台湾后，力主驻守，却遭朝中大臣排挤。有人弹劾他“居功自傲”，有人诋毁他“想效仿郑氏割据”，玄烨虽未治其罪，却也未给予应有的封赏，仅封其为靖海侯，让其镇守福建水师。
更令人唏嘘的是，郑氏降众的安置，乱象丛生。玄烨虽下令“善待降人”，但地方官却阳奉阴违，将部分郑氏宗族迁往内地，圈禁安置，甚至强征郑氏旧部为兵，远赴西北戍边。台湾当地百姓，也因清军入驻，承担着沉重的赋税与劳役，“归清”的喜悦，很快被现实的艰辛冲淡。
这一年，玄烨三十岁。他收复宝岛，稳固海疆，却也因朝臣的偏见与自身的猜忌，辜负了施琅的功勋，让台湾百姓，承受了不必要的苦难。
台湾归治的喜讯未散，西北狼烟再起。康熙二十九年，六月，噶尔丹率三万铁骑越过杭爱山，进攻漠北喀尔喀蒙古，土谢图汗等率部南迁归附清廷。噶尔丹在给玄烨的信中，狂妄宣称“圣上君南方，我长北方”，其野心昭然若揭。
此时的噶尔丹，已统一准噶尔部，占据新疆、青海、西藏，勾结沙俄获得武器支持，若不剿灭，必成北部大患。玄烨决定亲征，这是他一生三次亲征噶尔丹的开端。
第一次亲征，玄烨命福全、常宁分兵出古北口、喜峰口，自己坐镇博洛和屯。八月，清军与噶尔丹在乌兰布通相遇。噶尔丹以万头骆驼构筑“驼城”，隐藏铁骑，福全率军猛攻，火炮轰散“驼城”，双方展开肉搏。激战一日一夜，噶尔丹惨败，派使者求和，谎称愿归降迁徙。福全轻信其言，下令停战，噶尔丹趁机率残部逃回漠北。
这一次亲征，重创噶尔丹主力，却未能将其剿灭，留下无穷后患。玄烨得知福全停战，震怒之下将其革职，却也明白，清军长途奔袭，粮草不济，再战亦难全胜。
康熙三十五年，噶尔丹卷土重来，玄烨再次亲征，兵分三路，自己率领中路军穿越沙漠，直扑叛军主力。四月，清军在昭莫多设伏，噶尔丹误入包围圈，惨败而归，妻子阿奴战死，主力被彻底歼灭。
康熙三十六年，玄烨第三次亲征，此时噶尔丹众叛亲离，侄子策妄阿拉布坦占据其老巢，部众散尽。噶尔丹拒绝招降，最终在科布多服毒自杀，噶尔丹之乱平定。
捷报传至宁夏，玄烨站在黄河边，百感交集。四十三岁的他，三次穿越沙漠，历经风霜，终于平定西北边患，稳固了喀尔喀蒙古、青海、西藏的统治。
但这场胜利，也埋下了新的祸根。玄烨平定噶尔丹后，对策妄阿拉布坦采取安抚政策，承认其准噶尔部首领地位，未趁机收复准噶尔全境。他以为，经此一役，西北可保百年安宁，却不知策妄阿拉布坦野心勃勃，暗中积蓄力量，日后成为雍正、乾隆两朝的西北大患。
此外，三次亲征，耗费了国库巨额钱粮。康熙三十五年，仅中路军的粮草，就耗费白银数百万两，西北各省因征调粮草，百姓赋税激增，陕西、甘肃等地出现“民逃田荒”的景象。帝王的开疆拓土，终究还是要百姓来买单。
在平定噶尔丹的同时，东北边境的沙俄侵扰，始终未断。康熙二十四年，正月，玄烨派彭春率领三千清军，征讨盘踞雅克萨的哥萨克骑兵。
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雅克萨是沙俄蚕食东北疆土的重要据点，哥萨克骑兵在此烧杀抢掠，奴役百姓。彭春率军抵达后，先向沙俄守将托尔布津下通牒，令其撤离，托尔布津置之不理，凭借城堡负隅顽抗。彭春下令猛攻，火炮轰塌城墙，托尔布津率残部撤离，清军拆毁城堡后撤军。
可清军刚走，托尔布津便率俄军重返雅克萨，重建城堡，继续侵扰。康熙二十五年，三月，玄烨派萨布素率领两千清军，再次征讨雅克萨。萨布素采取“围而不攻”的策略，切断城堡粮道与水源，俄军弹尽粮绝，疫病流行，托尔布津被火炮击中身亡。
康熙二十八年，七月，沙俄被迫派使者赴尼布楚和谈。玄烨派索额图为首席代表，前往和谈。和谈桌上，索额图据理力争，要求沙俄归还雅克萨，划定边界。戈洛文起初拒不妥协，后见清军实力强大，才做出让步。
七月二十四日，《尼布楚条约》签订，规定中俄以格尔必齐河、额尔古纳河和外兴安岭为界，外兴安岭以北属沙俄，以南属中国，雅克萨归中国所有。这是中国历史上第一个平等的国际条约，划定了东北边界，扞卫了疆土完整。
消息传至紫禁城，玄烨欣慰不已，下旨在东北设立哨所，加强巡逻。表面上，大清赢得了尊严，稳固了东北疆土；但细究条约，不难发现缺憾。为了尽快平定西北噶尔丹之乱，玄烨授意索额图做出让步，未将贝加尔湖以东的尼布楚地区纳入中国版图，默认了沙俄对该地区的占领。
彼时，玄烨的重心在西北，不愿与沙俄陷入长期战争，这份让步，在当时看来是“权衡之策”，却也为后世中俄疆土争议，埋下了伏笔。而东北边境的百姓，虽摆脱了哥萨克骑兵的侵扰，却因条约划定的边界，失去了部分传统游牧、渔猎的土地，生活受到不小影响。
至此，大清四方边疆皆已稳固，东到台湾，西到新疆，北到漠北，南到南海，江山万里归于一统。玄烨的文治武功，达到顶峰，可这顶峰之下，是国库的空虚，是百姓的疲惫，是诸多未解决的隐患。
江山一统，玄烨将重心转向民生，而黄河、淮河、运河的水患，是他心头的重石。彼时中原历经百年战火，水患频发，黄河决口淹没良田，漕运受阻影响京师粮供，百姓流离失所。
康熙二十三年，九月，玄烨开启第一次南巡。他拒绝豪华龙舟，乘坐普通官船，不许地方官铺张迎送，只带亲信深入民间查看灾情。船至山东济宁，他弃船登岸，沿着黄河大堤行走，看着淹没的良田与流离的百姓，面色沉重。
他召见河道总督靳辅，与靳辅、陈潢等专家商议治理方案，采纳“筑堤束水，以水攻沙”的策略，又下令在黄河两岸种植柳树，加固大堤。第一次南巡历时两个月，行程数千里，制定了初步的河工治理方案。
此后十八年，玄烨又五次南巡，分别查看大堤修筑、运河疏通、河工进度与治理成效。康熙四十六年，四月，他结束第六次南巡，船行运河之上，看着两岸绿油油的良田、劳作的百姓与满载的漕船，露出了难得的笑容：“河工成，民生安矣。”
五十三岁的他，用十八年的脚步，丈量了中原土地，黄河决口减少，漕运恢复畅通，淮河两岸良田重现生机，这是他文治中，最实打实的功绩。
但下江南，也催生了奢靡之风。起初，玄烨严令禁止铺张，可到了后期，地方官为了讨好皇帝，阳奉阴违。康熙四十四年，第五次南巡时，江南督抚在沿途修建行宫，陈设奇珍异宝，征调百姓数千人充当差役，仅苏州一地，就耗费白银数十万两。
玄烨并非不知，却只是轻描淡写地训斥几句，并未严惩。他沉溺于“河工之功”，也习惯了地方官的奉承，这份纵容，让江南奢靡之风愈演愈烈，地方财政不堪重负，最终还是将负担转嫁到百姓身上。
更令人遗憾的是，河工治理的成效，并未持续太久。玄烨晚年，吏治腐败，河工款项被层层克扣，大堤修筑偷工减料。康熙五十年后，黄河又出现多次小规模决口，运河漕运再次受阻，百姓刚过上几年安稳日子，又陷入水患之苦。
除了治理水患，玄烨推行的“轻徭薄赋”，是他“仁政”的核心。康熙八年，亲政之初，他下旨停止圈地，将已圈占的土地归还百姓；康熙十年，推行“更名田”，将明朝宗室土地归还给百姓，允许其拥有所有权；康熙二十四年，鼓励垦荒，规定垦荒土地六年免税，地方官垦荒有功者升迁。
这些政策，让大清农业迅速恢复，垦荒面积增加数百万顷，粮食产量大幅提升。康熙四十九年，他下旨分三年普免天下钱粮，这是中国历史上第一次大规模普免钱粮，消息传至民间，百姓焚香祈福，高呼“圣明”。康熙五十年，他在乾清宫举办千叟宴，邀请全国千名七十岁以上老人赴宴，亲自斟酒，一时传为美谈。
可这份“仁政”，在吏治腐败的侵蚀下，渐渐变了味。
康熙晚年，官员贪污受贿成了常态。两江总督噶礼贪污数百万两白银，将普免的钱粮暗中征收，中饱私囊；山西巡抚穆尔赛横征暴敛，欺压百姓，甚至将赈灾粮款据为己有。玄烨得知后，只是将他们罢官，并未处以极刑，他的“宽容”，成了贪官污吏的护身符。
轻徭薄赋的政策，也未能真正惠及底层百姓。地方官阳奉阴违，“免税”成了一纸空文，百姓依旧要缴纳各种苛捐杂税；垦荒的土地，多被乡绅豪强霸占，普通百姓只能租种土地，承受高额地租。
国库也因轻徭薄赋与贪污腐败，日渐空虚。康熙六十年，国库存银不足一千万两，相较于康熙中期的五千万两，锐减八成。而九子夺嫡期间，皇子们为了争夺皇位，大肆挥霍国库钱财，拉拢大臣，更让国库雪上加霜。
玄烨推行“仁政”，本意是与民休息，却因对吏治的纵容，让安民之策，沦为贪官污吏的敛财工具。他想做“仁君”，却忘了，没有法治的仁，终究是空中楼阁。】
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