虽说三云家前任家督三云定持于长光寺之战中被上杉军讨取，且三云家遭到了上杉家的一定打击。但现任三云家家督三云贤持却并没有叛离主家六角家的想法，反而是对居城三云城进行不断的加固、增筑，准备将三云城打造成六角家反攻近江的重要桥头堡之一。
三云家在鼎盛时期领有野洲郡、栗太郡两郡之地，还与蒲生家、后藤家、进藤家、平井家、目贺田家并列成为六角家的六宿老家。
别看三云家是甲贺五十三家之中实力较强的国人领主之一，却并非甲贺郡的土著国人领主出身，反而是出自关东八国的武藏七党之一的儿玉氏。其祖先浅见实高（儿玉家弘之子）还追随首任镰仓殿源赖朝出阵奥州，不仅因功出任左兵卫尉之职，还获得了武藏儿玉庄、上野高山庄、越后荏保等地的地头职。因此，三云家历代家督、后嗣就以左卫门或新左卫门作为仮名，就连麾下的忍者也擅长弓马之道、近战。
不过，三云家因关应扰乱爆发后，因嫡流三云实亲追随足利直义一方，导致足利将军家指认其弟三云行义一脉来担任三云氏一门总领。而三云实亲一脉则是之后将苗字改为了中山。
直至明应年间（1492年至1501年），三云一族才正式于近江甲贺郡三云庄定居，并以三云城作为自家居城。
原本，三云贤持、三云成持、三云三郎左卫门兄弟三人就准备与盘踞在由良谷一带的夏见大学助、夏见角助父子互为掎角之势，来阻遏上杉军的攻势。
可没曾想，夏见大学助、夏见角助父子在获知石部城陷落、主君六角承祯生死不明等诸多不利消息传来后，就丧失了抵抗的意志，一矢不发的主动放弃夏见城，直接带着家眷、族人逃入了由良谷的深山密林之中躲避上杉军的兵锋。
如此一来，三云城反而陷入了孤立无援的窘境之中。
现如今，三云城西面有樱田景亲、后藤高治两部九千余军势，隔着野洲川的东面有着宇佐美定满部的八千余军势。而南面同为甲贺众的甲贺望月家、甲贺长野家、牧村家、甲贺山上家、甲贺高山家等国人领主们却无一例外地按兵不动，隔岸观火。
即便如此，三云贤持、三云成持、三云三郎左卫门兄弟仍然没有背弃主家六角家的想法，更没有选择不战而逃，反而积极做好笼城固守的准备。
永禄三年，九月十七日。
樱田景亲、后藤高治两部在兵临三云城外后，几乎不做任何休整，就向三云城北面的支城西往寺砦发起了猛攻，并于半天之内将其攻落。
樱田景亲、后藤高治二人在给主君上杉清定的战报中还不忘描绘西往寺砦之战的战况：“我军之铁炮声、大筒声、喊杀声响彻天际。相比之下，贼军之声如同春天原野上被雷鸣惊动的燕雀一般。”
樱田景亲、后藤高治二人倒是将上杉军比作雷电，而六角军则是受惊的燕雀，意图以此来向清定说明己方在此战中占有绝对的优势，几乎碾压六角军。
然而，樱田景亲、后藤高治两部的攻势也在攻落西往寺砦后就此终止。
先不说三云城是修筑于深山密林之中，单单是崎岖难行的山路，就导致上杉军难以通过，不少武士、足轻还在攀登的过程中跌下山崖，遭到不少的非战斗减员，根本无法展开兵力。
再加上，三云城外围还挖掘了不少的沟堀，与陡坡、悬崖的组合后，成为一座难攻不落的坚城。
樱田景亲、后藤高治两人眼见己方非战斗减员越来越多后，便认为这样的强攻得不偿失，便果断叫停。上杉军对三云城第一天的攻势宣告结束。
第二天，樱田景亲直接命人将三门佛郎机炮进行架设，意图通过炮击来迫使三云城主动开城投降。
可是，三云城本丸是修筑于三百三十余米的山顶，城墙还是由石垣构成，周边还有密林遮挡，需要精确的计算佛郎机炮的仰角，才能顺利将炮弹打进城中造成有效的杀伤。
可佛郎机炮的仰角有限，并非臼炮，且上杉军还并不擅长对佛郎机炮仰角计算，在试射了几次后，都无法命中山顶的三云城本丸，反而白白浪费了一些炮弹。
眼见炮击无法奏效后，樱田景亲、后藤高治两人只得对三云城采取断水之策，将流经三云城西北方的由良谷川，以及野洲川流经三云城东南方的支流大砂川截断，以此来切断三云城的水源，意图来个‘干杀三云’。
但出乎樱田景亲、后藤高治两人意料之外的是，三云城早在上杉军兵临城下之前就已经在城中屯有大量的粮草，并挖掘了水井，以及储存了不少水，使得三云城是既不缺粮，又不缺水。
加上三云城的守军、协防领民还不到两千人，粮草辎重的消耗也远远低于上杉军。
就在樱田景亲、后藤高治两部于三云城外陷入僵持之际，蒲生贤秀的东甲贺郡攻势倒是顺风顺水。
得益于山中家庶流山中俊长、山中俊正父子出仕蒲生家的缘故，使得蒲生势从居城日野音羽城出阵，直至越过笹尾峠进入甲贺郡境内，都没有被甲贺众察觉。
等到蒲生势来到野洲川下游，准备经青濑桥过河之际，音羽野城城主顿宫守孝（顿宫四方介之子）才获知了上杉军侵攻的消息。
当顿宫守孝在仓促之下准备带着家眷弃城而逃之际，却被美浓部上总介派来协防的美浓部六右卫门尉刺杀，其首级也被美浓部六右卫门尉献给了与美浓部家有着姻亲关系的蒲生贤秀。
随着顿宫守孝被讨取后，本就因上杉军突然南下袭来而惶惶不可终日的音羽野城上下彻底丧失了战意，加上前任顿宫家家督顿宫四方介与大部分家中武士、忍者阵亡于长光寺城之战，使得顿宫家治下青壮所剩无几。
在美浓部六右卫门尉的里应外合之下，蒲生势几乎不费吹灰之力，便将音羽野城一举攻落。