值得庆幸的是，田原对马守所部在遭到伏击后，没有继续向涉川郡方向进军，而是选择退回田原城。不然的话，设伏于龙间谷的大馆势仅有两百余人，很难阻遏河内田原势进军的步伐。
别看平芳知是三箇赖照的女婿（一说妹夫）之一，且河内平家素来与三箇家交好，但他还是分得清家名存续与岳父之间孰轻孰重。
故而，平芳知便说服了同族出身的丹下盛知（平盛知，丹下盛贤养子），不再按兵不动，转而出兵支持上杉家弹压正在北河内诸郡兴兵作乱的三箇家、河内田原家。
与田原对马守率部退回自家居城不同的是，砂之城城主结城忠正（结城国治、结城国缘、结城进斋）并不打算在自家居城笼城固守，而是早在上杉军尚未孤立河内结城领，以及尚未对三箇城发起围攻之前，就直接带着家眷、马廻众弃城逃往信贵山城，去投奔松永家了。
毕竟，砂之城周边一马平川，根本无险可守。
就算砂之城的北面有讃良川，南面有冈部川流经，可作为天然的护城河，但城池东面的冈山、东南面的茶臼山等地势较高、易守难攻之地皆在上杉家诸将的控制之下，非常容易切断河内结城家与松永领、三箇领、河内田原领之间的联系。
加上结城忠正自身不愿改宗，也非常反感上杉家颁下的伴天连追放、禁止天主教传教等政策，以及他不愿支持关东公方家出身的足利义氏为武家栋梁、征夷大将军。
在结城忠正看来，就算以上杉家为首的东国武家成功上洛，并讨取了支持伪朝的前任征夷大将军、武家栋梁足利义辉，那应该拥立足利义晴的次男一乘院觉庆为新一任征夷大将军、武家栋梁。退一步来说，就算不支持足利义澄流（足利义澄——足利义晴——足利义辉），也要从足利义稙流（足利义稙——足利义维——足利义荣）之中选择一合适之人，而不是选择远在千里之外，且长期与足利将军家对立的关东公方家之后。
由于上杉家在近畿诸国爆发大规模国人一揆后，负责留守的上杉家重臣们反应迅速，及时遏制了国人一揆的规模，以及彻底切断了三好家与近畿诸国国人一揆众之间的联系，就让结城忠正自知笼城固守是看不到任何取胜的希望，这才被迫弃城逃往松永领。
虽说结城忠正曾是足利将军家的奉公众，还迎娶了劝修寺尹丰之女为正室，但他同时也是近畿诸国之中最早信奉天主教的领主之一，洗礼名为安里凯（Arike，アンリケ）。
不仅如此，结城忠正在剑术上也颇有造诣，他曾向柳生宗严学习过‘左太刀’剑术，也与上泉信纲进行剑术交流和切磋。
即便反上杉家一方愈发势弱，结城忠正仍然没有理会位居从一位准大臣的岳父劝修寺尹丰，而是为了信仰选择与原先同僚松永久秀并肩作战。
就在三箇家被攻灭之际，获得柳生家、兴福寺大乘院支持的穴泽氏清部很快就膨胀至五千余众，但穴泽氏清却并没有按照原先的计划攻向辰市城，反而是为了确保筒井家不被松永家攻灭而调转枪头，兵锋直指北大和的重镇要地多闻山城。
多闻山城修筑于东大寺西北方的一座丘陵之上，拥有四重天守阁，其地是北连山城相乐郡，南接扶桑旧都奈良，自古以来便是兵家必争之地。
果然，当上杉军攻向多闻山城的消息传至郡山城后，松永家第一时间就作出反应——松永久通当即命超升寺城城主超升寺左近将监、辰市城城主菅田备前守、西方院山城（瑜伽山城、天满山城）城主古市景治等邻近多闻山城的己方诸将先行率本部军势前去驰援多闻山城，还命三之谷城城主三之谷肥后守、多田城城主多田常胤、马场城城主立野良信等山边郡、城上郡原先负责提防宇陀郡的己方诸将北上，去切断攻入大和境内的上杉军粮道和退路。同时，他还不忘命明智光秀负责留守郡山城，自己则是节制鞆田山城守、吐山次郎、今西木工助、森藤五郎、松冈左近将监、渡部采女正等将，率四千余军势前往东大寺，准备与多闻山城互为掎角之势，以防上杉军攻入大和腹地。
正当穴泽氏清、柳生宗严、宝藏院胤荣等将率五千余军势行至若草山（三笠山）一带后，就获知了松永军正兵分多路袭来，柳生宗严、宝藏院胤荣等将非常担心己方的退路和粮道被松永军切断而陷入孤立无援、断绝补给的窘境之中，便纷纷劝说大将穴泽氏清退守北村城、柳生城一带，等待己方后续援军抵达后，再主动出击。
然而，穴泽氏清并没有因孤军深入而感到胆怯，反而力排众议说：“我等本就是前去驰援筒井家的，若是主动退回邻近雍州的境目地带，那么此番出兵还有什么意义？！我等轻兵直进，攻向多闻山城，必能使松永家上下不测虚实，乘其心疑必能击败之！”
随后，穴泽氏清就率军来到东阪原，背若草山而结阵，准备与前来支援多闻山城的松永军进行正面交锋。
前来驰援多闻山城的松永军各部从各地仓促而来，相互之间协同本就不好，就奉松永家新任家督松永久通之命匆匆赶来。
近畿诸国的形势突然，给上杉·松永两军士气带来的一消一长仍然存在。
超升寺左近将监、古市景治等松永家重臣们并没有将面前的这支上杉军放在眼里，在他们看来，穴泽氏清麾下之兵大都是临时招募而来，并没有打过什么大战、恶战，加上柳生宗严、宝藏院胤荣等部良莠不齐，几乎和乌合之众无异。
于是，超升寺左近将监、古市景治等人也不等松永久通部抵达东大寺，便仓促联合多闻山城的城兵一同出击，意图先行将这支来犯的上杉军击溃，而后再将倒向上杉家一方的兴福寺大乘院、柳生家攻灭。
显然，超升寺左近将监、古市景治等人低估了面前这支上杉军的战力。
穴泽氏清好歹也是上杉家中出身于越后刈羽郡的元从家臣，追随主君上杉清定也经历了不少大战、恶战。他深知不能过于依靠兴福寺大乘院僧兵、信徒，以及才倒向己方不久的柳生家，便将本部的黑云备布置在最前方，两百一十名铁炮足轻则是布置在两翼。
虽然松永家在三好家旗下之时，很早就接触了铁炮，但财力有限，且与三好三人众交恶，使得松永家并没有装备太多的铁炮。
这就导致松永军在对上杉军阵地发起冲击之时，遭到了上杉军铁炮的集火攻击。加上，穴泽氏清部还装备着十挺大铁炮。
在上杉军的铁炮攻势下，松永军在猝不及防之下是人马具惊，阵型大乱。
穴泽氏清见状，也不给松永军丝毫反应时间，直接亲率三百名骑马武士冲向乱成一团的松永军，并严令后退者斩。
在混战中，穴泽氏清的战马被松永军足轻的长枪刺成重伤，他仍然没有后退之意，直接选择下马步战，黑云备的足轻、武士们皆为他的气概所激励，纷纷发起决死奋击，居然成功以三百之众将上千松永军一举击溃。
超升寺左近将监、古市景治等人也无力收拢己方军势组织反击，便在马廻众的护卫下狼狈逃离战场。而菅田备前守则是当场率本部军势一百余人向上杉军投降。
就在上杉军处于胜利的当口，松永家的第二波援军到了。
尽管松永军在兵力上占据绝对的优势，可与之相对的上杉军却都是刚刚打过沙苑的得胜之师，士气正锐。
穴泽氏清也不打扫战场，在稍作休整后，便以黑云备的两千余军势为主，摧锋直进，攻向抵达东大寺立足未稳的四千余松永军。
受到东阪原之战己方惨败，以及河内、和泉、纪伊等国己方势力遭到重创或被上杉家攻灭等诸多不利因素影响，两军合战后，士气占优的上杉军将立足未稳的松永军打得是丢盔弃甲，狼狈而逃。
宝藏院胤荣在合战中是极为生猛，就算身中三矢，也不顾伤痛，继续奋勇杀敌，在身上挂彩的情况下，还是在混战之中，将松永军有力武将鞆田城城主鞆田山城守讨取，给穴泽氏清留下了极为深刻的印象。
终究，松永久通独自领兵的次数不多，且从未遇到如此悍不畏死的军势。
在付出了五百余人的伤亡后，松永久通在已无胜利前景的情况下，为了能够撤回多闻山城重整旗鼓，便悍然下令将东大寺焚毁。
就这样，作为华严宗大本山、南都七大寺之首的东大寺，在经过南都烧讨（1180年）后，再一次遭到兵燹波及。
只不过，此番东大寺之战后，东大寺并没有像南都烧讨那般损毁严重。
穴泽氏清深知东大寺在大和一国有着非常大的影响力，若是不及时进行灭火扑救，极有可能会让舆论对上杉家不利，便没有对向多闻山城败逃的松永军进行追击，反而是一面布置警戒，一面组织对东大寺进行灭火。
最终，东大寺只有大佛殿一座建筑被焚毁，释迦像遭烧毁。这比南都烧讨时，大佛殿、金堂、中门、回廊、东塔等核心建筑化为灰烬，以及卢舍那大佛头部与手臂被烧落，大量佛像、经卷、文物焚毁的结果要轻出不少。
可以说，东阪原之战、东大寺之战两战的结果完全出乎了上杉家、松永家的意料。
松永家是处处挨打，以多数兵力在自家地盘上兀自被上杉军一支兵力寡少的偏师打得是晕头转向，几乎是要丢掉北大和诸郡霸权的节奏。
之后，身在摄津的八条定繁见大和一国形势大好，便请扎比·布莱克索恩与畠山在氏、三好笑岩、大馆晴光、鸟养宗庆、丹下盛知、平芳知等上杉家河内诸将一同行动，在攻灭田原城的河内田原家后，就进入大和，配合穴泽氏清一同讨伐松永家。
宇陀郡、吉野郡两郡的鸟屋尾满荣、家城之清、日置大膳亮、大宫含忍斋、小川家直、芳野民部大辅等原伊势北畠家重臣们也趁机联合本善寺旗下的一向一揆众兵分两路，一面攻向宇智郡，一面攻向十市郡。
本就因玉井家、河内游佐家败亡而陷入孤立的大冈赖尹、坂合部赖家等人哪里还有招架之力？
在宇陀众、吉野众、大和一向一揆众的凌厉攻势下，野原城、二见城、布袋山城等数座城池兵砦先后陷落，力不能支的大冈赖尹、坂合部赖家等人不得不主动献出冈西山城、坂合部山城，向上杉军投降。
至于先前被松永久秀安排去攻打柳本城竹内秀胜、十市藤满等将，在获知己方先后于东阪原之战、东大寺之战惨败的消息后，随之解除了对柳本城围攻。
为了遏制宇陀众、吉野众、大和一向一揆众的大举北上，竹内秀胜、十市藤满等将不得不率军分别前往邻近十市郡与高市郡境目地带的上之山城、贝吹山城。
而三之谷肥后守、多田常胤、立野良信等人在获知松永久通已经于东大寺惨败，并退回多闻山城后，生怕自己这一路遭到上杉军的孤立或奇袭，便放弃了切断上杉军退路、粮道的计划，各率本部军势退回各自的居城之中，并暗中派遣使者前往帝塚山城，请求获得筒井家家宰福住顺弘的宽恕，希望能够归参筒井家。
当然，八条定繁也不忘对松永家进行分化，他知晓多罗尾光俊的正室是松永家笔头家老竹内秀胜之女竹内御料人，便让其致信竹内秀胜，劝说竹内秀胜尽快弃暗投明，自己可以看在正担任正三位大膳大夫兼久我家家司竹内季治（竹内真滴，竹内秀胜之兄）的面子上，进行网开一面。
可是，竹内秀胜却拒绝了八条定繁递来的橄榄枝，选择继续为松永家效忠。