虽说六角承祯有再度逃往伊贺境内去躲避上杉军兵锋的想法，但遭到了三云贤持、建部秀清、望月吉栋、山中俊好、石部家清等诸多出身于甲贺郡的家中重臣们强烈反对。
再怎么说，六角家也是近畿诸国的武家名门之一，就算遭到了足利将军家的两度征伐，在通过奇袭、暗杀等手段，最终扭转败局得以恢复家名。
在三云贤持、建部秀清、望月吉栋、山中俊好、石部家清等人看来，若是六角承祯、六角义治父子再度放弃石部城逃入伊贺境内，那么将来甲贺众在六角家中的地位必然会受到影响，先前迫使六角承祯、六角义治父子签订限制家督权力的《六角氏式目》极有可能会失效。
故而，在大部分重臣反对的情况下，六角承祯只好暂时打消逃往伊贺的想法。
即便如此，六角家所面临的巨大压力丝毫没有减少。
六角承祯深知眼下与足利将军家曾经发起的两次六角征伐时的形势大为不同，不仅六角家、仁木家两家完全处于孤立无援的窘境，境目地带早就遭到了上杉军的封锁，连外界消息都很难获得，就更别说获得友军的支援和声援了。
而且，第一次六角征伐时期，足利义尚在上钩寺设置的本阵几乎是无险可守。至于奉命前来参阵的京兆细川家、武卫斯波家、京极家、金吾畠山家、若狭武田家、山名家、一色家、土岐家、大内家、朝仓家等大名，以及足利将军家奉公众各部军势距离上钩寺最近的也在十余里开外。一旦上钩寺遇袭，足利军各部是完全无法做到及时驰援，甚至相互之间的联系也会被切断。这也就给了六角家之后扭转局势的机会。
长享三年（1489年）三月二十六日清晨，足利义尚这位被世人称之为‘容颜俊美，身姿如玉’的玉面将军暴毙于本阵上钩寺之中，享年二十三岁。
足利义尚之父足利义政也在钩之阵结束后不久中风卧床不起，并于次年延德二年（1490年）元月七日病逝，享年五十四岁。
与足利义尚相比，足利义政的一生可谓是充满了不幸。其幼年时期因丧父（嘉吉元年足利义教遇害）丧兄（嘉吉三年足利义胜早逝）的缘故，被赶鸭子上架一般登上了征夷大将军、武家栋梁之位；少年时期就要面对管领的专权和近臣之间的内斗；青年时期还要面对武家之间的纠纷与足利将军家的分裂；中年时期面对京都的战火与足利将军家存亡的危机；晚年时期面对权威的不断凋零与儿子的英年早逝。
关于足利义尚的死因扑朔迷离，有说是六角家派遣麾下忍者毒杀所致，也有说足利义尚长期声色犬马而引发脑淤血而亡。
在足利义材在位时期，六角高赖甚至还被朝廷指认为朝敌。若不是参阵大名们大部分按兵不动、作壁上观，六角家也无法在逃入甲贺郡后再度发起反攻。
但是，今时不同往日。
六角承祯、六角义治父子就算效仿先祖那样在遭遇强敌后逃入甲贺郡、伊贺国的深山老林之中，与敌军展开游击战，也是徒劳无功。这样的举动已经在上杉家称霸近畿诸国，成为新一代天下人后不再奏效。此时的世间可不是一百年前的模样。
随着上杉家将山城、大和、伊势、美浓等国先后静谧，使得六角家、仁木家不仅与三好家、河野家等友军的联系被切断，甚至还遭到了上杉家的经济封锁。
先不说战马、马鞍、弓矢、生铁、铁炮、铠甲、粮草、打刀、长枪、硝石等战略物资遭到了严格的管控，就连食盐都无法流入六角领、仁木领境内。
可以说，上杉家的盐留战术是屡试不爽。
若是长期不食用盐的话，对人的危害是相当的大。不单单会造成四肢无力，甚至还会导致水肿、消化功能下降、神经系统异常、心脏异常等诸多症状。
上杉清定就是打算通过经济封锁来让六角家、仁木家的战力急剧下降，从而能够减少己方的损失而将这两家大名攻灭。
一切军事行动的指导原则，都根据于一个基本的原则——尽可能地保存自己的力量，消灭敌人的力量。
一切技术的、战术的、战役的、战略的原则，都是执行这个基本原则时的条件。保存自己消灭敌人的原则，是一切军事原则的根据。
遭到上杉家的经济封锁后，六角承祯、仁木义视二人也没有坐以待毙。
毕竟，忍者最擅长的就是隐秘行动、爬山涉水。而六角家、仁木家旗下最不缺的就是忍者。
加上伊贺与山城、伊势、大和、近江四国接壤之地无一例外的皆是山脉丘陵，使得六角家、仁木家的忍者可以利用熟悉地理的优势，轻松避开上杉军所设置的关所。
只是，因口音、生活习惯等缘故，最终只有少量忍者成功将食盐、粮草等重要物资带回六角领、仁木领。
由于仁木家方面并没有探查到伊势、大和、山城三国之中有上杉家大肆征召军势、阵夫的迹象，这才让六角承祯稍稍松了一口气。
然而，仁木义视少算了一点。
上杉家虽然没有大肆征召军势、阵夫，但也没在静谧摄津、和泉、河内、播磨等国后，就将先前征召的军势、阵夫解散。
永禄三年，九月十五日。
京极龙子于观音寺城本丸为清定诞下了八男，清定就因地为其取名为近江丸。
就在清定命多罗尾光吉、多罗尾光俊父子与新参家臣小川元政一同，将自己喜得一子的消息火速传播出去的同时，当即做出如下部署：
第一路，由樱田景亲为大将，节制藤堂虎高、河田元亲、吉田重高等将，以五千余军势配置三门佛郎机炮，从近江川守城出阵，在经八重谷后直扑六角承祯、六角义治父子所在的石部城；
第二路，由宇佐美定满为大将，节制水谷正村、长尾当长、一栗放牛等将，以八千余军势配置五门佛郎机炮，从川守城东南方的上南城出阵，在经水口丘陵后，攻向甲贺山中城；
第三路，由蒲生贤秀为大将，蒲生定秀为副将，率一千余军势负责攻打音羽野城、土山城、平子城等地；
第四路，由后藤高治为大将，节制青地茂纲、山冈景隆、马渊宗纲、永原重虎等将，以五千余军势从青地城出阵，攻向石部城西面支城多喜山城；
第五路，由八条定繁为大将，节制穴泽氏清、八户治义、曾我助乘、大馆义实、大馆晴光等将，以五千余军势配置三门佛郎机炮，从山城木津城出阵，与藤林家一同夹击伊贺众的增地家、田矢家；
······
面对上杉军的多路攻势，认为上杉清定喜得一子而放松警惕的六角家是猝不及防，甲贺郡与野洲郡、蒲生郡、栗太郡境目地带的防线在短时间内就被攻破，进而全线崩溃。
樱田景亲所节制的藤堂虎高、河田元亲、吉田重高等将皆是出自南近江诸郡，且对六角家的底细非常熟悉。这一路军势在越过八重谷后，就迅速迫近石部城北面的支城菩提寺城、青木城。
虽然菩提寺城、青木城两城的守军很早就在城外布置了大量的逆茂木、乱杭（布置不规则的密集尖锐木桩缠绕藤蔓）、撒菱（四角都有尖刺，其中一角固定朝上）、栅栏等大量阻遏行军以及攻城之物，但上杉军的攻城战术早就不使用蚁附攻城了。
随着樱田景亲的一声令下，三门佛郎机炮在架设好后就朝着菩提寺城、青木城两城展开猛烈炮击。
即便菩提寺城、青木城两城连成一体，还是修筑于山谷之中，刚好坐落于野洲川中郡桥以北，是上杉军南下攻向石部城的必经之路。
可六角军用于守城的大都是传统守城器具，连铁炮都少得可怜，就更别说火炮了。
上杉军所配置的佛郎机炮是配备了七个子铳，在短短几分钟内就能倾泻出上千发乃至数千发不等的弹丸。
当接二连三的轰鸣声不断响起，上杉军阵地更是硝烟弥漫。
等微风逐渐吹散硝烟后，上杉军上下这才发现菩提寺城、青木城两城的大手门、箭橹、板屏等大部分木质城防设施已经在炮击之下千疮百孔。
其中，最为夸张的是，大手门更是被佛郎机炮轰得满是弹孔。
至于菩提寺城、青木城两城的守军被佛郎机炮轰得是鬼哭狼嚎，只好躲在角落之中，连头都不敢抬。守将建部秀清、建部秀信等人见此情景是惊惧不已，面如土色，完全失去了继续笼城固守的底气。
还没等建部秀清、建部秀信等人想好应对之策，上杉军阵地上就吹响了进攻的法螺声。
菩提寺城、青木城两城的守军在听到上杉军的法螺声后，还以为他们又一次要遭到炮击，幸存的足轻、农兵也不顾武士的训斥、叫骂，纷纷不约而同地丢盔弃甲而逃。
不过，这一次建部秀清、建部秀信等建部一族之人没有选择随守军一同弃城而逃，反而是退入菩提寺城的本丸大广间之中。
因为，建部秀清、建部秀信等人在箕作城之战中，眼见以上杉军为首的官军势大，就抛弃同僚弃城而逃。而后，他们又在长光寺城之战中拥兵自重、保存实力。
若非以百地三太夫为首的伊贺众加势和监视，建部秀清、建部秀信等人还打算抛弃主君六角承祯继续南逃。
此时的建部秀清、建部秀信等人自知就算率残部逃入伊贺，也无法让主家像曾经那样扭转败局、夺回旧领。
不论是伊贺国还是甲贺郡，通往山城、伊势、大和等国的交通要道皆被上杉军设置了关所封锁起来，就算是手无寸铁的百姓通过都要严加盘查，更别说武士、忍者了。
再加上，上杉军在过去的二十几年中几乎一直在打仗，是百战精锐；而六角家、仁木家的军势来源非常复杂，有临时招募的浪人、山伏、盗贼等，也有旗下国人领主、忍者、征召农兵等，大部分人甲胄不齐，有不少人甚至未经训练、第一次上战场。
这么一对比，孰强孰弱就一目了然。
在人数、装备、士兵素质、指挥官素质都不占优的情况下，六角家和仁木家要是能打得赢，那除非获得八幡大明神的相助，或是让源义经、木增义仲、源义经、北畠显家等猛将死而复生。
最后，建部秀清、建部秀信等人没有再度弃城而逃，更没有背叛自己的主君，反而是带着建部一族武士以及郎从一百余人齐聚在本丸大广间之中，或是切腹，或是自刎。
至于邻近菩提寺城、青木城两城的谷城守军在听闻两城在半天之内就被上杉军攻落后，无不感到惊恐万分，黑川与四郎（黑川修理进之子）、芥川七郎兵卫（芥川左京亮之子）等守将麾下军势大都是由忍者组成，并不擅长守城，他们自知不敌，就毫不犹豫的选择率麾下军势弃城逃往石部城。
在逃往石部城的途中，黑川与四郎、芥川七郎兵卫等人还不忘将中郡桥、石部桥等通往对岸的桥梁尽数破坏，以此来避免上杉军长驱直入甲贺郡的腹地。
只是，黑川与四郎、芥川七郎兵卫等人想得还是太过于简单了。
樱田景亲在接连攻落菩提寺城、青木城，并兵不血刃的攻落谷城后，就命参阵阵夫火速抢修石部桥、中郡桥两座桥梁，生怕攻落石部城的功劳被后藤高治所节制的南近江诸将夺取。
很快，黑川与四郎、芥川七郎兵卫等人就傻眼了，上杉军一面拆除了菩提寺城、青木城、谷城三城之中的屋舍来打造小船渡过野洲川，一面还以参阵阵夫修缮石部桥、中郡桥两座桥梁。同时，上杉军骑马武士更是寻找水浅之处强渡野洲川。